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MySQLの文字コードに問題がありそうなので、SJISで統一してみます。
以下のページが参考になりました。
http://www.javadrive.jp/mysql/control/index1.html

• C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\my.iniを編集
  • default-character-set=sjis
  • 上記の1文を[client]にもコピー
• my.iniをWindowsディレクトリにもコピー
• mysqlを再起動

これでSJISになりました。